Впоследствии научно-исследовательский флот Института пополнился новыми крупнотоннажными судами: «Академик Курчатов», «Дмитрий Менделеев», «Академик Мстислав Келдыш», «Профессор Штокман». Позже появился новый «Витязь» и оборудованные современной акустической аппаратурой суда «Академик Сергей Вавилов» и «Академик Иоффе». К настоящему времени, в составе научного флота, базирующегося в Калининграде и Геленджике, остались три крупнотоннажных судна (водоизмещение более 6 тыс. тонн) - «Академик Мстислав Келдыш», «Академик Сергей Вавилов» и «Академик Иоффе», два среднетоннажных (более 1 тыс. тонн) - «Профессор Штокман» и «Рифт», и три малотоннажных (менее 1 тыс. тонн) - «Шельф», «Акванавт» и «Акванавт-2». Корабли оснащены современными навигационными системами, научными приборами и оборудованием для комплексных экспедиционных исследований. Есть в составе флота института обитаемые подводные аппараты типа «Мир» с глубиной погружения до 6 км.

Институт является судовладельцем и на праве оперативного управления эксплуатирует суда от своего имени, обеспечивая выполнение обязательных норм и правил Российского законодательства и Международных конвенций по судоходству, безопасности мореплавания и предотвращению загрязнения окружающей среды.

В составе флота Института было пять обитаемых подводных аппаратов – два типа «Мир» с глубиной погружения до 6 км, два типа «Пайсис», способных опускаться на 2 км, и аппарат «Аргус» для работы на глубине до 600м. В 1987 году произошло первое погружение глубоководных обитаемых аппаратов (ГОА) «Мир-1» и «Мир-2» с рабочими глубинами до 6000 м. 

В сложных условиях 90-х годов Институту удалось выполнить одну из основных задач – предотвращение разрушения, восстановление и модернизацию научного флота. В последние годы ИОРАН постоянно увеличивает количество научных экспедиций на судах Института.  В 2008 году Институт провел 34 экспедиции общей продолжительностью 514 суток. В рейсах приняло участие 379 научных сотрудников и представителей 36 организаций шести министерств и ведомств России и иностранные участники из организаций Аргентины, Голландии, Великобритании.
Практически все экспедиции носят комплексный характер и включают природоохранную и экологическую тематику.

Научно-исследовательские суда ИОРАН