В своей деятельности диссертационный совет руководствуется Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, указами и распоряжениями Президента Российской Федерации, постановлениями и распоряжениями Правительства Российской Федерации, приказами Министерства образования и науки Российской Федерации, решениями Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки, решениями Высшей аттестационной комиссии Министерства образования и науки Российской Федерации  и  Положением о совете по защите докторских и кандидатских диссертаций.(Утверждено приказом Минобрнауки России от 9 января 2007 г. N 2)

Диссертационные советы несут ответственность за качество и объективность экспертизы диссертаций, за обоснованность принимаемых решений и призваны обеспечивать высокий уровень требований при определении соответствия диссертаций критериям, установленным Положением о порядке присуждения ученых степеней, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 30 января 2002 г. N 74 (Собрание законодательства Российской Федерации, 2002, N 6, ст. 580; 2003, N 33, ст. 3278; 2006, N 18, ст. 1997)

В Институте функционируют диссертационные советы по защите докторских и кандидатских диссертаций:

• Диссертационный Совет Д 002.239.02.
  Совет имеет право принимать к защите диссертации по специальности «океанология» - 25.00.28. 
  и присуждать ученую степень доктора и ученую степень кандидата физико-математических наук, географических наук.
  
  
• Диссертационный Совет Д 002.239.03.
  Совет имеет право принимать к защите диссертации по специальности «океанология» - 25.00.28.
  и присуждать ученую степень доктора и ученую степень кандидата геолого-минералогических наук, технических наук.
  
  
• Диссертационный Совет Д 002.239.01
  Совет имеет право принимать к защите диссертации по специальностям «гидробиология» -03.00.18 и «ихтиология» -03.00.10.
  и присуждать ученую степень доктора и ученую степень кандидата биологических наук.

За 2009 год проведены заседания:

• Совет Д 002.239.02. Проведено 9 заседаний, 6 - с защитой диссертаций (2 кандидатские и 4 докторские диссертации). Темы защищенных диссертаций, выполненных авторами, можно квалифицировать как новые крупные достижения в развитии океанологии.
  
• Совет Д 002.239.03. Проведено 5 заседаний с защитой диссертаций (4 кандидатские и 1 докторская). Все защищённые работы имеют большую научную и практическую значимость и апробированы на многих российских и международных конференциях.
• Совет Д 002.239.01. Проведено 5 заседаний с защитой диссертаций (4 кандидатские и 1 докторская). Тематика рассмотренных советом работ была актуальной, а научные результаты являются новыми.